尽管大部分自然流产原因不明，但研究发现，其中80%以上都与免疫因素有关。目前研究发现，免疫性因素导致的复发性流产又分为自身免疫异常型、同种免疫异常型和自身免疫与同种免疫紊乱性。

　　自身免疫型是指母体内产生的自身抗体通过各种机制(如胎盘血栓、抗生殖细胞抗体等)导致的流产;常见的自身免疫性疾病有抗磷脂综合征、系统性红斑狼疮、干燥症、强直性脊柱炎、皮肌炎、多发性肌炎、类风湿性关节炎、系统性硬皮病、混合型结缔组织病、桥本氏甲状腺炎、甲状腺功能亢进、胰岛素依赖性糖尿病、溃疡性结肠炎、重症肌无力、原发性胆汁性肝硬化等。

　　同种免疫型是因为母体免疫系统攻击组织不相容的胚胎组织，母胎间免疫平衡失调引起的流产。在非孕期机体的免疫系统主要是免疫保护作用，保护母体、防止感染、防止肿瘤的发生;而妊娠期机体的免疫系统要需要转变成免疫耐受状态，起到保护胎儿、防止机体对胚胎排斥、防止滋养层过度侵袭，当机体免疫系统不能及时转换状态，达到免疫耐受状态，就会因为胚胎被母体排斥而造成流产。